La organización de la asociación OBREAL comprende distintos niveles:

Asamblea General: reúne a todos los miembros de OBREAL y determina la orientación general de su trabajo.

Junta Directiva: está compuesto por su Presidente, su Secretario Ejecutivo (sin derecho a voto) y seis representantes. Algunas de sus funciones son:

• determinar los asuntos que abarcará la red de acuerdo con las necesidades de los países de Europa y América Latina
• actuar como vínculo entre la red y las organizaciones gubernamentales y de la sociedad civil en países de Europa y América Latina, así como con cuerpos internacionales relevantes (Naciones Unidas, Organización Mundial de Comercio, etc.)
• supervisar las estrategias de la investigación, de publicación y de la difusión de información en la red.
• determinar la consulta de expertos técnicos

Durante la Asamblea General de OBREAL celebrada el 2 y 3 de Diciembre de 2011 en Barcelona se renovó la Junta Directiva. La composición de la misma está integrada por: 

• Universitat de Barcelona
• UN University Institute - Comparative  Regional Studies
• Universitá de Bologna
• Instituto de Estudos Ecônomicos e Irtenacionais
• FLACSO Ecuador
• Universidad de San Andrés
• Universidad de los Andes
• Asociación de Universidades Grupo Montevideo
• Instituto de Estudios Peruanos
• Freie Universität Berlin
• Universidad de Chile (IEI)
• Centro de Investigaçao e Estudos do Sociologia
• Centro de Investigación y Docencia Económicas
• Universidad de Costa Rica
• Université Catholique de Louvain
• Centro de Estudos do Integraçao e Desenvolvimento